echo $OSTYPE

$ echo $OSTYPE
cygwin

$ set|grep APP
APPDATA='C:\Users\ss\AppData\Roaming'
LOCALAPPDATA='C:\Users\ss\AppData\Local'

$ cygpath -w /
C:\Users\ss\AppData\Local\cygwin64

$ mount
C:/Users/ss/AppData/Local/cygwin64/bin on /usr/bin type ntfs (binary,auto)
C:/Users/ss/AppData/Local/cygwin64/lib on /usr/lib type ntfs (binary,auto)
C:/Users/ss/AppData/Local/cygwin64 on / type ntfs (binary,auto)
C:/Users/ss/home on /Users/ss/home type ntfs (binary)
C:/Users/ss on /Users/ss type ntfs (binary)
C: on /c type ntfs (binary,posix=0,user,noumount,auto)

$ cygpath -w ~
C:\Users\ss\home

$ cygpath -w ~/../
C:\Users\ss\

$ ls -lF ~
合計 0
drwxr-xr-x+ 1 ss             None  0 3月  19 17:14 a/
lrwxrwxrwx  1 Administrators None  6 3月  19 17:52 bat -> ../bat/
drwxr-xr-x+ 1 ss             None  0 3月  19 18:55 bin/
lrwxrwxrwx  1 Administrators None 10 3月  19 17:50 Desktop -> ../Desktop/
lrwxrwxrwx  1 Administrators None 12 3月  19 17:50 Downloads -> ../Downloads/
lrwxrwxrwx  1 Administrators None 10 3月  19 17:51 Dropbox -> ../Dropbox/
lrwxrwxrwx  1 Administrators None  9 3月  19 17:51 GitHub -> ../GitHub/

cygwin の $home を %HOMEDRIVE%%HOMEPATH% にするといろいろと環境を汚しちゃうので相当苦心したりした。徒労。
windows の環境変数にcygwin 用のものは設定しない。 %HOME% も設定しない。汚しちゃうから。